Table Contents (Click to view)
-
Assembly - by genome sequencing project
-
Annotation - by genome sequencing project
-
| Sequencing Institute and Genome | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Assembly- by genome sequencing project | AD1_BGI | AD1_NBI | AD1_JGI | AD1 HAU | AD2_HAU | AD2 HAU.2 | ||
| FASTA Files | ||||||||
| * Chromosomes + Scaffolds | 26+9128 | 26+288,273 | 26+5,329 | 26+2,164 | 26+17,434 | 26+3,006 | ||
| * Chromosomes only | 26 | 26 | 26 | |||||
| * Scaffolds only | 9,128 | 288,273 | 17,434 | |||||
| * Other anchored sequences | ||||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT Files | ||||||||
| * Chromosomes + Scaffolds | 26+9128 | |||||||
| Annotation - by genome sequencing project | AD1_BGI | AD1_NBI | AD1_JGI | AD1 HAU | AD2_HAU | AD2 HAU.2 | ||
| FASTA Files | ||||||||
| * Predicted coding sequences | 76,943 | 70,478 | 87,800 | 115,835 | 109,918 | 109,778 | ||
| * Predicted protein sequences | 76,943 | 70,478 | 87,800 | 115,835 | 109,918 | 109,778 | ||
| * Predicted gene sequences | 66,577 | 80,876 | ||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT Files | ||||||||
| * Genes | ||||||||
| - Predicted gene alignments | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - Predicted gene with exon alignments | FTP | |||||||
| * Structural | ||||||||
| - De novo repeats alignments | FTP | FTP | ||||||
| - Repeats identified using RepeatMasker alignments | FTP | |||||||
| * Functional | ||||||||
| - Functional assignments | FTP | FTP | ||||||
| - GO assignments | FTP | |||||||
| - InterPro assignments | FTP | |||||||
| - KEGG assignments | FTP | |||||||
| - SwissProt assignments | FTP | |||||||
| - TrEMBL assignments | FTP | |||||||
| * Transcripts | ||||||||
| - PASA mapped Phytozome ESTs* | ||||||||
| Annotation - by CottonGen or cotton research group(s) | AD1_BGI | AD1_NBI | AD1_JGI | AD1 HAU | AD2_HAU | AD2 HAU.2 | ||
| GFF3 | EXCEL | TXT files | ||||||||
| * Functional | ||||||||
| - Interpro Analysis | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||
| - GO assignments from InterProScan | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - IPR assignments from InterProScan | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - Genes in KEGG Pathways | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - Genes mapped to KEGG orthologs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - KEGG hier file | ||||||||
| - KEGG image maps | ||||||||
| * GenSAS Analysis | ||||||||
| - Repeat Masker | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Repeat Masked Sequence | FTP | |||||||
| - Repeat Modeler | FTP | FTP | FTP | |||||
| - SSR | FTP | FTP | FTP | |||||
| - tRNAscan | FTP | FTP | FTP | |||||
| * Marker Alignments | ||||||||
| - CottonGen RFLP-RAD markers | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - CottonGen SSR markers | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - CottonGen SNP markers | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - CottonGen InDel markers | FTP | FTP | FTP | |||||
| * SNP Sequence Alignments | ||||||||
| - NCBI dbSNP-cotton (built on 2011-07-21) | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Udall Lab's A/D (diploid) SNPs | ||||||||
| - Udall' Lab's At/Dt (tetraploid) SNPs | ||||||||
| * Protein Alignments | ||||||||
| - Arabidopsis thaliana TAIR10 | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Glycine max v1.0 (annotation version) | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Oryza sativa MSU v7.0 | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Poplar trichocarpa (assembly version) | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Theobroma cacao v1.1 | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Vitis vinifera | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI nr-cotton (download m/yy) | FTP(7/15) | FTP(7/15) | FTP(2/16) | |||||
| - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy) | FTP(7/15) | FTP(7/15) | ||||||
| - Uniprot trembl-cotton (download m/yy) | FTP(7/15) | FTP(7/15) | FTP(2/16) | |||||
| * Protein Homologies | ||||||||
| - Arabidopsis thaliana TAIR10 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||
| - Glycine max v1.0 (annotation version) | FTP (a2) | FTP (a2) | FTP | |||||
| - Oryza sativa MSU v7.0 | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Poplar trichocarpa (assembly version) | FTP (v3) | FTP (v3) | FTP | |||||
| - Theobroma cacao v1.1 | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Vitis vinifera (assembly version) | FTP (v12) | FTP (v12) | FTP | |||||
| - NCBI nr-cotton (download m/yy) | FTP(2/16) | |||||||
| - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy) | FTP(8/17) | |||||||
| - Uniprot trembl-cotton (download m/yy) | FTP(8/17) | FTP(2/16) | ||||||
| * Unigene & Transcript Alignments | ||||||||
| - G. arboreum CottonGen RefTrans v1 | FTP | |||||||
| - G. barbadense CottonGen RefTrans v1 | FTP | |||||||
| - G. hirsutum CottonGen RefTrans v1 | FTP | |||||||
| - G. raimondii CottonGen RefTrans v1 | FTP | |||||||
| - CottonGen unigene v1.0 | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||
| - J. Udall 2012 Unigene contigs | FTP | FTP | FTP | |||||
| - J. Udall 2012 Unigene CDS | FTP | FTP | ||||||
| - PlantGDB Gossypium unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - PlantGDB G. arboreum v157a unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - PlantGDB G. barbadense v183a unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - PlantGDB G. hirsutum v165a unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - PlantGDB G. raimondii v157a unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - TIGR/DFCI Cotton Gene Index v11 unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI Gossypium all unigenes | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||
| - NCBI G. hirsutum unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI G. raimondii unigenes | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI Gossypium ESTs (download 2015, same till 2018) | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI G. arboreum ESTs | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI G. barbadense ESTs | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI G. herbaceum ESTs | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI G. hirsutum ESTs | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI G. raimondii ESTs | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI Gossypium mRNAs (download m/yy) | ||||||||