Table Contents (Click to view)
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Assembly - by genome sequencing project
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Annotation - by genome sequencing project
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| Sequencing Institute and Genome | ||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Assembly | BGI v1 | NBI v1.1 | JGI v1.1 | HAU v1 | ZJU v2.1 | CRI v1 | WHU v1 | UTX v2.1 | ||||||||
| FASTA Files | ||||||||||||||||
| * Chr + Scaffs | 26+9128 | 26+288,273 | 26+5,329 | 26+2,164 | 26+12,072 | 26+584 | 26+316 | 26+999 | ||||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT Files | ||||||||||||||||
| * Chr + Scaffs | 26+9128 | |||||||||||||||
| Annotation | BGI v1 | NBI v1.1 | JGI v1.1 | HAU v1 | ZJU v2.1 | CRI v1 | WHU v1 | UTX v2.1 | ||||||||
| FASTA Files | ||||||||||||||||
| * Predicted CDS | 76,943 | 70,478 | 87,800 | 115,835 | 72,761 | 79,703 | 74,350 | 107,216 | ||||||||
| * Predicted protein | 76,943 | 70,478 | 87,800 | 115,835 | 72,761 | 79,703 | 74,350 | 107,216 | ||||||||
| * Predicted gene | 66,577 | 75,376 | ||||||||||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT Files | ||||||||||||||||
| * Gene alignments | FTP | FTP | FTP | |||||||||||||
| * Gene+exon aligns | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||||
| Annotation - CottonGen | BGI v1 | NBI v1.1 | JGI v1.1 | HAU v1 | ZJU v2.1 | CRI v1 | WHU v1 | UTX v2.1 | ||||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT files | ||||||||||||||||
| * Functional | ||||||||||||||||
| - InterPro GO | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - InterPro IPR | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - KEGG Pathways | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - KEGG orthologs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| * CottonGen Marker Alignments (11/18) | ||||||||||||||||
| - RFLP-RAD | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - SSRs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - SNPs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - InDels | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||||
| * Protein Homologies | ||||||||||||||||
| - Araport11 | FTP | FTP | FTP | FTP(tair10) | FTP(tair10) | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - NCBI nr (5/18) | FTP | FTP | FTP | FTP(4/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - Swissprot (1/19) | FTP | FTP | FTP | FTP(5/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - Trembl (1/19) | FTP | FTP | FTP | FTP(5/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| * CottonGen RefTrans v1 | ||||||||||||||||
| - G. arboreum | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - G. barbadense | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - G. hirsutum | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||
| - G. raimondii | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | ||||||||