Download AD2 (G. barbadense) Genome Data

Table Contents (Click to view)
  Sequencing Institute and Genome
Assembly- by genome sequencing project 3-79_HAU v1 3-79_HAU v2 H7124_ZJU v1      
FASTA Files            
     * Chromosomes + Scaffolds 26+17,434 26+3,006        
     * Chromosomes only 26          
     * Scaffolds only 17,434          
     * Other anchored sequences            
GFF3 | EXCEL | TXT  Files            
     * Chromosomes + Scaffolds            
Annotation - by genome sequencing project 3-79_HAU v1 3-79_HAU v2 H7124_ZJU v1      
FASTA Files            
    * Predicted coding sequences 109,918 109,778        
    * Predicted protein sequences 109,918 109,778        
    * Predicted gene sequences 80,876          
GFF3 | EXCEL | TXT  Files            
    * Genes            
          - Predicted gene alignments FTP FTP        
          - Predicted gene with exon alignments            
    * Structural            
          - De novo repeats alignments   FTP        
          - Repeats identified using RepeatMasker alignments            
    * Functional            
          - Functional assignments FTP          
          - GO assignments            
          - InterPro assignments            
          - KEGG assignments            
          - SwissProt assignments            
          - TrEMBL assignments            
    * Transcripts            
          - PASA mapped Phytozome ESTs*            
Annotation - by CottonGen or cotton research group(s) 3-79_HAU v1 3-79_HAU v2 H7124_ZJU v1      
GFF3 | EXCEL | TXT  files            
    * Functional            
          - Interpro Analysis FTP          
          - GO assignments from InterProScan FTP FTP        
          - IPR assignments from InterProScan FTP FTP        
          - Genes in KEGG Pathways FTP FTP        
          - Genes mapped to KEGG orthologs FTP FTP        
          - KEGG hier file            
          - KEGG image maps            
    * GenSAS Analysis            
          - Repeat Masker FTP          
          - Repeat Masked Sequence FTP          
          - Repeat Modeler FTP          
          - SSR FTP          
          - tRNAscan FTP          
    * Marker Alignments            
          - CottonGen RFLP-RAD markers FTP FTP        
          - CottonGen SSR markers FTP FTP        
          - CottonGen SNP markers FTP FTP        
          - CottonGen InDel markers FTP          
    * SNP Sequence Alignments            
          - NCBI dbSNP-cotton (built on 2011-07-21) FTP          
          - Udall Lab's A/D (diploid) SNPs            
          - Udall' Lab's At/Dt (tetraploid) SNPs            
    * Protein Alignments            
          - Arabidopsis thaliana TAIR10 FTP          
          - Glycine max v1.0 (annotation version) FTP          
          - Oryza sativa MSU v7.0  FTP          
          - Poplar trichocarpa (assembly version)      FTP          
          - Theobroma cacao v1.1 FTP          
          - Vitis vinifera FTP          
          - NCBI nr-cotton (download m/yy)  FTP(2/16)          
          - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy)            
          - Uniprot trembl-cotton (download m/yy) FTP(2/16)          
    * Protein Homologies            
          - Arabidopsis thaliana TAIR10 FTP FTP        
          - Glycine max v1.0 (annotation version) FTP          
          - Oryza sativa MSU v7.0 FTP          
          - Poplar trichocarpa (assembly version) FTP          
          - Theobroma cacao v1.1 FTP          
          - Vitis vinifera (assembly version) FTP          
          - NCBI nr-cotton (download m/yy) FTP(2/16)          
          - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy)            
          - Uniprot trembl-cotton (download m/yy) FTP(2/16)          
    * Unigene & Transcript Alignments             
          - G. arboreum CottonGen RefTrans v1            
          - G. barbadense CottonGen RefTrans v1            
          - G. hirsutum CottonGen RefTrans v1            
          - G. raimondii CottonGen RefTrans v1            
          - CottonGen unigene v1.0 FTP          
          - J. Udall 2012 Unigene contigs FTP          
          - J. Udall 2012 Unigene CDS FTP          
          - PlantGDB Gossypium unigenes FTP          
          - PlantGDB G. arboreum v157a unigenes FTP          
          - PlantGDB G. barbadense v183a unigenes FTP          
          - PlantGDB G. hirsutum v165a unigenes FTP          
          - PlantGDB G. raimondii v157a unigenes FTP          
          - TIGR/DFCI Cotton Gene Index v11 unigenes FTP          
          - NCBI Gossypium all unigenes FTP          
          - NCBI G. hirsutum unigenes FTP          
          - NCBI G. raimondii unigenes FTP          
          - NCBI Gossypium ESTs (download 2015, same till 2018) FTP          
          - NCBI G. arboreum ESTs FTP          
          - NCBI G. barbadense ESTs FTP          
          - NCBI G. herbaceum ESTs FTP          
          - NCBI G. hirsutum ESTs FTP          
          - NCBI G. raimondii ESTs FTP          
          - NCBI Gossypium mRNAs (download m/yy)