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Assembly - by genome sequencing project
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Annotation - by genome sequencing project
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| Sequencing Institute and Genome | |||||||||||||||
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| Assembly- by sequencing project | D1-35 | D1-5 | D21-6 | D22_ISU | D22_CRInew | D3D-27 | D3D-8 | D3K-57 | D3K_CRInew | D4-185 | |||||
| FASTA Files | |||||||||||||||
| * Chromosomes + Scaffolds | 13 | 13+11 | 13+1,349 | 13+2,572 | 13+4 | 13+314,782 | 13+14 | 13+316,806 | 13+1 | 13+382,310 | |||||
| Annotation - by sequencing project | D1-35 | D1-5 | D21-6 | D22_ISU | D22_CRInew | D3D-27 | D3D-8 | D3K-57 | D3K_CRInew | D4-185 | |||||
| FASTA Files | |||||||||||||||
| * Predicted coding sequences | 31,520 | 41,316 | 25,464 | 31,153 | 36,640 | 34,870 | 41,471 | 34,902 | 42,981 | 29,559 | |||||
| * Predicted protein sequences | 31,520 | 41,316 | 25,464 | 31,153 | 36,640 | 34,870 | 41,471 | 34,902 | 42,981 | 29,559 | |||||
| * Predicted gene sequences | |||||||||||||||
| GFF3 | EXCEL | TXT | |||||||||||||||
| * Predicted gene alignments | |||||||||||||||
| * Predicted gene with exon alignments | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| Annotation - by CottonGen Team | D1-35 | D1-5 | D21-6 | D22 | D22_CRInew | D3D-27 | D3D-8 | D3K-57 | D3K_CRInew | D4-185 | |||||
| GFF3 | EXCEL | TXT files | |||||||||||||||
| * Functional | |||||||||||||||
| - GO assignments from InterProScan | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - IPR assignments from InterProScan | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Genes in KEGG Pathways | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - Genes mapped to KEGG orthologs | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| * Marker Alignments | |||||||||||||||
| - CottonGen RFLP-RAD markers (v. 11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - CottonGen SSR markers (v.11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - CottonGen SNP markers (v. 11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - CottonGen InDel markers (v.11/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||||
| * Protein Homologies | |||||||||||||||
| - Arabidopsis thaliana Araport11 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - NCBI nr-all (v. m/yy = 5/18) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP(9/21) | FTP | FTP(9/21) | FTP | |||||||
| - Uniprot swissprot-all (v.1/19) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP(9/21) | FTP(9/21) | FTP | FTP(9/21) | FTP(9/21) | FTP | |||||
| - Uniprot trembl-all (v.1/19) | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP(9/21) | FTP(9/21) | FTP | FTP(9/21) | FTP(9/21) | FTP | |||||
| * Unigene & Transcript Alignments | |||||||||||||||
| - G. arboreum CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - G. barbadense CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - G. hirsutum CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||
| - G. raimondii CottonGen RefTrans v1 | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | FTP | |||||