Download TM-1 (G. hirsutum, AD1) Genome Data

Table Contents (Click to view)
  Sequencing Institute and Genome
Assembly- by genome sequencing project BGI v1 NBI v1.1 JGI v1.1 HAU v1 HAU v1.1 ZJU v2.1  
FASTA Files              
     * Chromosomes + Scaffolds 26+9128 26+288,273 26+5,329 26+2,164      
     * Chromosomes only 26 26          
     * Scaffolds only 9,128 288,273          
     * Other anchored sequences              
GFF3 | EXCEL | TXT  Files              
     * Chromosomes + Scaffolds 26+9128            
Annotation - by genome sequencing project BGI v1 NBI v1.1 JGI v1.1 HAU v1 HAU v1.1 ZJU v2.1  
FASTA Files              
    * Predicted coding sequences 76,943 70,478 87,800 115,835        
    * Predicted protein sequences 76,943 70,478 87,800 115,835      
    * Predicted gene sequences     66,577        
GFF3 | EXCEL | TXT  Files              
    * Genes              
          - Predicted gene alignments FTP FTP FTP FTP      
          - Predicted gene with exon alignments     FTP        
    * Structural              
          - De novo repeats alignments       FTP      
          - Repeats identified using RepeatMasker alignments     FTP        
    * Functional              
          - Functional assignments   FTP          
          - GO assignments FTP            
          - InterPro assignments FTP            
          - KEGG assignments FTP            
          - SwissProt assignments FTP            
          - TrEMBL assignments FTP            
    * Transcripts              
          - PASA mapped Phytozome ESTs*              
Annotation - by CottonGen or cotton research group(s) BGI v1 NBI v1.1 JGI v1.1 HAU v1 HAU v1.1 ZJU v2.1  
GFF3 | EXCEL | TXT  files              
    * Functional              
          - Interpro Analysis FTP FTP FTP        
          - GO assignments from InterProScan FTP FTP FTP FTP      
          - IPR assignments from InterProScan FTP FTP FTP FTP      
          - Genes in KEGG Pathways FTP FTP FTP FTP      
          - Genes mapped to KEGG orthologs FTP FTP FTP FTP      
          - KEGG hier file              
          - KEGG image maps              
    * GenSAS Analysis              
          - Repeat Masker FTP FTP          
          - Repeat Masked Sequence              
          - Repeat Modeler FTP FTP          
          - SSR FTP FTP          
          - tRNAscan FTP FTP          
    * Marker Alignments              
          - CottonGen RFLP-RAD markers FTP FTP FTP FTP      
          - CottonGen SSR markers FTP FTP FTP FTP      
          - CottonGen SNP markers FTP FTP FTP FTP      
          - CottonGen InDel markers FTP FTP          
    * SNP Sequence Alignments              
          - NCBI dbSNP-cotton (built on 2011-07-21) FTP FTP          
          - Udall Lab's A/D (diploid) SNPs              
          - Udall' Lab's At/Dt (tetraploid) SNPs              
    * Protein Alignments              
          - Arabidopsis thaliana TAIR10 FTP FTP          
          - Glycine max v1.0 (annotation version) FTP FTP          
          - Oryza sativa MSU v7.0  FTP FTP          
          - Poplar trichocarpa (assembly version)      FTP FTP          
          - Theobroma cacao v1.1 FTP FTP          
          - Vitis vinifera FTP FTP          
          - NCBI nr-cotton (download m/yy)  FTP(7/15) FTP(7/15)          
          - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy) FTP(7/15) FTP(7/15)          
          - Uniprot trembl-cotton (download m/yy) FTP(7/15) FTP(7/15)          
    * Protein Homologies              
          - Arabidopsis thaliana TAIR10 FTP FTP FTP FTP      
          - Glycine max v1.0 (annotation version) FTP (a2) FTP (a2)          
          - Oryza sativa MSU v7.0 FTP FTP          
          - Poplar trichocarpa (assembly version) FTP (v3)  FTP (v3)            
          - Theobroma cacao v1.1 FTP  FTP          
          - Vitis vinifera (assembly version) FTP (v12) FTP (v12)          
          - NCBI nr-cotton (download m/yy)              
          - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy)     FTP(8/17)        
          - Uniprot trembl-cotton (download m/yy)     FTP(8/17)        
    * Unigene & Transcript Alignments               
          - G. arboreum CottonGen RefTrans v1     FTP        
          - G. barbadense CottonGen RefTrans v1     FTP        
          - G. hirsutum CottonGen RefTrans v1     FTP        
          - G. raimondii CottonGen RefTrans v1     FTP        
          - CottonGen unigene v1.0 FTP FTP FTP        
          - J. Udall 2012 Unigene contigs FTP FTP          
          - J. Udall 2012 Unigene CDS   FTP          
          - PlantGDB Gossypium unigenes FTP FTP          
          - PlantGDB G. arboreum v157a unigenes FTP FTP          
          - PlantGDB G. barbadense v183a unigenes FTP FTP          
          - PlantGDB G. hirsutum v165a unigenes FTP FTP          
          - PlantGDB G. raimondii v157a unigenes FTP FTP          
          - TIGR/DFCI Cotton Gene Index v11 unigenes FTP FTP          
          - NCBI Gossypium all unigenes FTP FTP FTP        
          - NCBI G. hirsutum unigenes FTP FTP          
          - NCBI G. raimondii unigenes FTP FTP          
          - NCBI Gossypium ESTs (download 2015, same till 2018) FTP FTP          
          - NCBI G. arboreum ESTs FTP FTP          
          - NCBI G. barbadense ESTs FTP FTP          
          - NCBI G. herbaceum ESTs FTP FTP          
          - NCBI G. hirsutum ESTs FTP FTP          
          - NCBI G. raimondii ESTs FTP FTP          
          - NCBI Gossypium mRNAs (download m/yy)