Download Diploid Genome Data

Table Contents (Click to view)
  Sequencing Institute and Genome
Assembly- by genome sequencing project D5_BGI D5_JGI A2_BGI A2_CRI      
FASTA Files              
     * Chromosomes + Scaffolds 13+4434 13+1020 13+75,581 13+4,503      
     * Chromosomes + Scaffolds with repeats masked by N's sequences   13+1020          
     * Chromosomes + Scaffolds with repeats masked by lower case   13+1020          
     * Chromosomes only 13 13 13        
     * Scaffolds only 4434 1020 75,581        
     * Other anchored sequences              
GFF3 | EXCEL | TXT  Files              
     * Chromosomes + Scaffolds 13+4434 13+1020 13+75,581        
     *  Assembly GAPs   8879          
Annotation - by genome sequencing project D5_BGI D5_JGI A2_BGI A2_CRI      
FASTA Files              
    * Predicted coding sequences 40,976 77,267 40,134 40,960        
    * Predicted protein sequences 40,976 77,267 40,134 40,960      
    * Predicted gene sequences   37,505          
GFF3 | EXCEL | TXT  Files              
    * Genes              
          - Predicted gene alignments FTP FTP FTP FTP      
          - Predicted gene with exon alignments   FTP          
    * Structural              
          - De novo repeats alignments FTP            
          - Repeats identified using RepeatMasker alignments FTP FTP          
          - Repeats identified using RepeatMasker ProteinMask alignments FTP            
          - Repeats identified using 'trf' alignments FTP            
          - miRNA alignments FTP            
          - Ribosomal RNA alignments FTP            
          - snRNA alignments FTP            
          - tRNA alignments FTP            
    * Functional              
          - Functional assignments              
          - GO assignments              
          - InterPro assignments              
          - KEGG assignments              
          - SwissProt assignments              
          - TrEMBL assignments              
    * Transcripts              
          - PASA mapped Phytozome ESTs*   FTP          
Annotation - by CottonGen or cotton research group(s) D5_BGI D5_JGI A2_BGI A2_CRI      
GFF3 | EXCEL | TXT  files              
    * Functional              
          - Interpro Analysis              
          - GO assignments from InterProScan FTP FTP FTP        
          - IPR assignments from InterProScan FTP FTP FTP        
          - Genes in KEGG Pathways FTP FTP FTP        
          - Genes mapped to KEGG orthologs FTP FTP FTP        
          - KEGG hier file   FTP FTP        
          - KEGG image maps   FTP FTP        
    * GenSAS Analysis              
          - Repeat Masker   FTP FTP        
          - Repeat Masked Sequence   FTP FTP        
          - Repeat Modeler   FTP FTP        
          - SSR   FTP FTP        
          - tRNAscan   FTP FTP        
    * Marker Alignments              
          - CottonGen RFLP-RAD markers FTP FTP FTP        
          - CottonGen SSR markers FTP FTP FTP        
          - CottonGen SNP markers FTP FTP FTP        
          - CottonGen InDel markers FTP FTP FTP        
    * SNP Sequence Alignments              
          - NCBI dbSNP-cotton (built on 2011-07-21)   FTP          
          - Udall Lab's A/D (diploid) SNPs   FTP          
          - Udall' Lab's At/Dt (tetraploid) SNPs   FTP          
    * Protein Alignments              
          - Arabidopsis thaliana TAIR10   FTP FTP        
          - Glycine max v1.0 (annotation version)     FTP        
          - Oryza sativa MSU v7.0    FTP FTP        
          - Poplar trichocarpa (assembly version)                   
          - Theobroma cacao v1.1   FTP FTP        
          - Vitis vinifera     FTP        
          - NCBI nr-cotton (download m/yy)      FTP(8/14)        
          - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy)              
          - Uniprot trembl-cotton (download m/yy)     FTP(8/14) sptr        
          - NCBI nr-all (download date)              
          - Uniprot swissprot-all  (download m/yy)              
          - Uniprot trembl-all (download m/yy)              
    * Protein Homologies              
          - Arabidopsis thaliana TAIR10 FTP FTP FTP        
          - Glycine max v1.0 (annotation version)     FTP        
          - Oryza sativa MSU v7.0 FTP FTP FTP        
          - Poplar trichocarpa (assembly version)   FTP FTP (v2)          
          - Theobroma cacao v1.1 FTP FTP (v0.9) FTP        
          - Vitis vinifera (assembly version) FTP   FTP        
          - NCBI nr-cotton (download m/yy)              
          - Uniprot swissprot-cotton (download m/yy)              
          - Uniprot trembl-cotton (download m/yy)              
          - NCBI nr-all (download date) FTP(10/12) FTP FTP        
          - Uniprot swissprot-all (download m/yy) FTP(10/12) FTP FTP        
          - Uniprot trembl-all (download m/yy) FTP(10/12) FTP FTP        
    * Unigene & Transcript Alignments               
          - G. arboreum CottonGen RefTrans v1              
          - G. barbadense CottonGen RefTrans v1              
          - G. hirsutum CottonGen RefTrans v1              
          - G. raimondii CottonGen RefTrans v1              
          - CottonGen unigene v1.0 FTP FTP FTP        
          - J. Udall 2012 Unigene contigs FTP FTP FTP        
          - J. Udall 2012 Unigene CDS     FTP        
          - PlantGDB Gossypium unigenes FTP FTP FTP        
          - PlantGDB G. arboreum v157a unigenes FTP FTP FTP        
          - PlantGDB G. barbadense v183a unigenes FTP FTP FTP        
          - PlantGDB G. hirsutum v165a unigenes FTP FTP FTP        
          - PlantGDB G. raimondii v157a unigenes FTP FTP FTP        
          - TIGR/DFCI Cotton Gene Index v11 unigenes     FTP        
          - NCBI Gossypium all unigenes     FTP        
          - NCBI G. hirsutum unigenes     FTP        
          - NCBI G. raimondii unigenes     FTP        
          - NCBI Gossypium ESTs (download m/yy) FTP(10/12) FTP(10/12) FTP(8/14)        
          - NCBI G. arboreum ESTs (download m/yy) FTP(10/12) FTP(10/12) FTP(8/14)        
          - NCBI G. barbadense ESTs (download m/yy) FTP(10/12) FTP(10/12) FTP(8/14)        
          - NCBI G. herbaceum ESTs (download m/yy) FTP(10/12) FTP(10/12) FTP(8/14)        
          - NCBI G. hirsutum ESTs (download m/yy) FTP(10/12) FTP(10/12) FTP(8/14)        
          - NCBI G. raimondii ESTs (download m/yy) FTP(10/12) FTP(10/12) FTP(8/14)        
          - NCBI Gossypium mRNAs (download m/yy) FTP(10/12) FTP(10/12)